1990年9月成立中共湖南中医学院党校，学院党委书记朱文锋兼任党校校长，由学院党委宣传部、统战部长周祖贻兼任党校常务副校长，主持党校日常工作。
1999年党委副书记黄政德、2006年党委副书记陈弘、2012年党委副书记秦裕辉、2016年党委副书记肖小芹、2020年党委副书记易刚强先后兼任党校校长。
2008年3月，党委研究为加强9721见好就收才是赢党校的工作，成立了9721见好就收才是赢党校校务委员会,党委副书记陈弘任党校校长，组织人事部部长杨亲昭兼任党校常务副校长，宣传部长虢剑波任副校长，校务委员会成员有陈弘、杨亲昭、刘富林、杨成林、虢剑波、张兰、廖菁、张炳填、宋翠平。党校班子配备齐全，教师配备得力，制度健全、工作规范、管理严格、目标明确、培训体系健全、培训覆盖面广、培训率高、培训质量好。
2009年11月26日，湖南省委教育工委专家来校对学校申报全省高校先进党校进行现场检查评估，通过听取汇报、进行问卷调查、召开座谈会、实地考察等，给予了充分肯定。经过评估，学校党校被评为全省高校优秀党校。
为进一步加强党校工作，学校2014年发文独立设置党校，2016年5月配备了专职的党校常务副校长和办公室主任，健全了党校的组织管理体制。2016年11月3日，根据人事调整情况，重新调整党校校务委员会，肖小芹副书记任党校校长，李晖任常务副校长，廖菁、宋翠平任副校长，叶利军、伍一文、阳仁达、李继红、周钊和、赵高文、焦珞珈、张湘明任校务委员成员。
2020年12月，易刚强任党校校长，宋翠平任党校常务副校长。现有6个分党校：中医学院分党校、中西医结合学院分党校、药学院分党校、医学院分党校、湘杏学院分党校、研究生院分党校等6个分党校。分党校校长、副校长由学院党委书记、副书记兼任。
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